SUPERGIRL/スーパーガール＜セカンド・シーズン＞

セカンド･シーズン第１話。新たな脅威がナショナル･シティに姿を現し、カーラは、いとこのスーパーマンと組んで、その脅威を阻止しようとする。彼女は親族がナショナル･シティにやって来て喜ぶが、アレックスは、そんなカーラを見て仲間外れにされた気分になってしまう。一方、あるカプセルが地球に墜落し、ハンクとスーパーガールは茫然とする。

クリプトナイトで力を得た悪党とともに、カドマスがナショナル･シティに襲いかかり、スーパーガールはひどい傷を負う。またそのクリプトナイトはＤＥＯから盗まれていたことが判明し、スーパーマンはハンクの責任だと非難する。一方カーラは、新たな職場で、初日に新しい上司のスナッパー・カーと会うが、物事は思うように進まない。

大統領が攻撃されたことを機に、ナショナル･シティで宇宙人対地球の人間の人権について議論が激化する。スーパーガールとＤＥＯは、大統領を守り、攻撃を仕掛けた者を連行するよう命じられる。アレックスはマギー・ソーヤー刑事と組んで事件を捜査し、カーラは少し前にＤＥＯから逃げ出したモン＝エルの行方を追う。彼こそが、大統領に攻撃を仕掛けた宇宙人ではないかと疑っているからだ。

カーラとアレックスが身元不明の宇宙人の殺人事件を捜査していくと、ルーレットという女が主宰するファイトクラブにたどり着く。そこでは、宇宙人同士の死闘が富裕層の人間たち向けの見せ物になっていた。スーパーガールとマーシャン･マンハンターは闘いを中止させようとするが、予想外の敵に直面する。しかしハンクは、自分以外の火星人に出会えたことを喜び、メーガンと親睦を深めようとする。スーパーガールはモン＝エルの能力を磨くため彼の面倒を見る。

スーパーガールは、宇宙人の技術を駆使した危険な新兵器を持つ非情な集団と対峙する。また、カドマスがＤＥＯにある映像を送り付けてきたのがきっかけで、一同はカドマスが秘密の計画を遂行するために犯罪者を集めていることに気づく。一方カーラは、モン＝エルがインターンとしてキャットコー･メディアで働けるよう世話する。ジェームズは重大な決心をし、レナは自身が主宰する資金集めパーティーにカーラを招待する。

スーパーガールは、人に寄生する宇宙人に自分の能力を奪われてしまう。だが、そこに姿を現したガーディアンという人物が彼女に救いの手を差し伸べる。モン＝エルは新たにいかがわしい仕事に就こうかと考え始めるが、やがて自分の行動について深く考えることになる。一方アレックスは、新たな現実に直面し、もがいていた。

ガーディアンは、他の自警団員が犯した殺人の罪に問われ、自分の潔白を証明しようとする。一方、カドマスに捕まってしまったモン＝エルを救出しようと、スーパーガールは一人でカドマスのもとへ向かう。モン＝エルを助け出そうとする中、スーパーガールはサイボーグスーパーマンと対峙することになる。

アレックスは、自分がレズビアンだと母に打ち明けようとし、ウィンとジェームズはガーディアンの真実をカーラに伝えるべきかで悩む。一方カドマスが、周辺にいる宇宙人を瞬殺するウイルスをまき、カーラは意外にもレナ・ルーサーに協力を求める。バリー･アレンとシスコ･ラモンの世界を宇宙人が侵略し、彼らはカーラに助けを求める。そして、ＤＣのスーパーヒーローたちの壮大なクロスオーバーが始まる。

カーラは、行方不明の女性イジ―の話に心を動かされ、スナッパー・カーの警告も無視して調査をしようとする。彼女は、モン＝エルを連れて、最後にイジ―が目撃された場所に行き、別の惑星への入り口をくぐってしまう。そこはルーレットが取り仕切る奴隷の星で、圧政に虐げられた人々が奴隷として売られていた。奴隷の星では太陽が赤いため、カーラとモン＝エルは能力が使えず、帰る方法もないまま足止めを食らう。地球では、アレックスがカーラを心配していた。

ライブワイヤーが脱獄し、ナショナル・シティの警察を攻撃する。スーパーガールは、再び彼女を捕まえるために、モン＝エルとともに立ち向かうが、モン＝エルが市民よりもスーパーガールの安全を優先したことで、事態は予想もしなかった展開を迎える。一方、ジェームズはカーラに秘密を打ち明けることを決心し、メーガンは脳内攻撃を受けて昏睡状態に陥ってしまう。

ホワイト･マーシャンであるアーメックがナショナル･シティへやって来る。彼の目的はメーガンを火星へ連れ戻し、裏切り者としての罰を受けさせることだ。ハンクとスーパーガールは、メーガンを保護するのに最適な場所はＤＥＯだと判断するが、実はアーメックがメーガンになりすまし、ＤＥＯの基地内で野放しになってしまう。アーメックは誰にでも化けられるのだった。

メタロが脱獄し、リリアン・ルーサーを逃がす。警察はメタロの脱獄はレナの責任だとし、彼女を逮捕する。多くの証拠はあるが友人が有罪だとは思えないカーラは、レナの無罪を証明しようと奮闘する。また、フラッシュバックではレナがいかにしてルーサー家の一員になったかが明かされる。一方、アレックスとマギーは付き合いだして初めてのバレンタインデーを迎える。

ジェレマイア･ダンバースがカドマスのもとから救出される。アレックスとカーラは父親が戻ってきたことに歓喜し、ダンバース一家では祝杯をあげるため家族で食事をすることになる。一方モン＝エルは、ジェレマイアが突然戻って来たことを不審に思う。彼が本人に問いただすと、事態は思わぬ方向へ展開していく。

アレックスはジェレマイアの行方を捜し、カーラは宇宙人の連続拉致事件について調査する。そして姉妹は、カドマスの新たな企みを阻止するには、規則を破らなければならないことに気づく。カドマスの計画を止めるのに有効な記事をスナッパー・カーに掲載してもらうため、カーラはカーがスーパーガールにインタビューする機会を設けることを了承する。

新たな悪党がナショナル･シティに現れ、彼らの攻撃に備えてスーパーガールは厳戒態勢に入る。一方ウィンは恋人のライラのために、法律に反するような行動をとらざるを得ない事態に巻き込まれてしまう。そんなウィンを見たマギーは彼を助けようとするが、長年の忠誠心が邪魔をする。ミュージック・マイスターはスーパーガールに攻撃を仕掛ける。

スーパーガールに高い懸賞金がかけられナショナル･シティは、鋼鉄の女“ウーマン･オブ･スティール”を倒そうと、いろいろな惑星から来た宇宙人の攻撃を受ける。一方アレックスとマギーは、ばったりマギーの元恋人エミリーに会う。エミリーは１週間ほどナショナル･シティにいるという。またハンクはマースデン大統領から変わった命令を受ける。

レナの元恋人、ジャックス・スフィアがナショナル･シティにやって来る。あらゆる病気を治す可能性を持つ、ナノテクノロジーにおける大発見を発表するためだ。レナはカーラに、ジャックの会議に一緒に出席して自分をサポートしてほしいと頼む。スナッパー・カーも会議に参加していることを知ったカーラは、自分は記者なのだからジャックの大発見について本人に質問しようと思いつく。だが、その発見は多くの人々を危険にさらし、大きな捜査が行われることになる。

アレックスが誘拐され、誘拐犯は刑務所からある悪名高い犯罪者を釈放しなければアレックスの命はないと脅迫してくる。スーパーガールとマギーは、これまで犯罪者を逮捕してきた方法は違うが、今回はアレックスを救うために協力する。一方レーアは、レナにある興味深い提案をする。

宇宙人がナショナル･シティを攻撃する。スーパーガールとＤＥＯは、その宇宙人が比較的大人しい種族で、念動力を使えるフォリアンだと知る。ガーディアンはフォリアンの居場所の手がかりをつかむが、発見したのは犯人ではなく、とても怯えた少年、マーカスだった。少年はジェームズ以外の人間を信用しない。ナショナル･シティへの攻撃を止められるかどうかはガーディアンにかかっていた。一方、レーアの計画はエスカレートする。

キャット･グラントがナショナル･シティに戻って来る。一方、大統領は最近のレーアの行動を受けて、ある指示を出す。スーパーガールはその指示に従うべきかどうか、悩む。

セカンド･シーズン最終話。スーパーガールはナショナル･シティを救うために、レーアと対決する。一方キャット･グラントは、スーパーガールにある賢明な助言をする。そして、スーパーマンが戻って来る。